Não existe uma resposta única porque os três programas de afiliado calculam comissão de formas diferentes, por categoria diferente, com regra de cookie diferente. Comparar só pelo nome da plataforma, sem olhar o que você de fato promove, costuma levar a escolher errado. E a escolher errado aqui significa deixar comissão real na mesa toda semana, não só uma vez.
A Shopee tende a favorecer categoria de compra por impulso e ticket mais baixo, com giro rápido: moda, casa, beleza. É onde o volume de oferta nova todo dia compensa uma comissão individual menor, porque o afiliado que promove nesse ecossistema costuma vender mais vezes, não vender mais caro.
A Amazon costuma ter regra de cookie mais curta (a venda só conta se acontecer dentro de uma janela pequena depois do clique), mas cobre categoria de ticket mais alto e produto de decisão mais lenta, como eletrônico e equipamento. Uma comissão sobre um produto mais caro pode compensar mesmo com taxa percentual menor. O cálculo que importa é valor absoluto da comissão, não só a porcentagem anunciada.
O Mercado Livre fica no meio: presença forte em quase toda categoria, com variação de comissão dependendo do tipo de produto e se o vendedor participa do programa de afiliados dele especificamente. Nem todo produto do Mercado Livre gera comissão, então vale conferir antes de assumir que qualquer link vai pagar.
Na prática, quem promove pra um público misto de nicho (que é a maioria dos grupos de oferta) ganha mais rodando os três em paralelo e deixando cada categoria de produto ir pro programa onde ela historicamente vende melhor, em vez de apostar tudo numa plataforma só por comodidade de só ter uma credencial pra gerenciar.